% $Header$
%\RequirePackage{flashmovie}

%\documentclass[xelatex]{beamer}
\documentclass[professionalfont,xcolor=svgnames]{beamer}
\pdfpageattr {/Group << /S /Transparency /I true /CS /DeviceRGB>>}


    \usepackage[T1,T2A]{fontenc}
    \usepackage[utf8]{inputenc}
    \usepackage[english,russian]{babel}

	\usepackage[cm-default]{fontspec}
	\usepackage{xunicode}
	\usepackage{xltxtra}

%	\usepackage{fourier}
%\usepackage{cmbright}
%\usepackage{concrete}
	\usepackage{media9}
	\usepackage{chemfig}
    \usepackage{multimedia}

	\usepackage{comment}
    \usepackage{verbatim}

   
\mode<presentation>
{%
\usetheme{Malmoe} % Warsaw,Hannover,boxes
%\usecolortheme[RGB={70,50,50}]{structure} 
\usecolortheme[named=DimGray]{structure} 
%\usecolortheme{} % orchid,lily,dolphin,beetle,crane,beaver
%\usebackgroundtemplate{\includegraphics[width=\paperwidth]{quadr-90.png}}
\setbeamertemplate{navigation symbols}{} 
\useoutertheme{infolines} 
%\setbeamerfont{structure}{series=\bfseries} 
\setbeamertemplate{items}[circle] 
\setsansfont{Ubuntu}
}

%% svg import 
\newcommand{\executeiffilenewer}[1]{%
{\immediate\write18{#1}}%
}
\newcommand{\includesvg}[1]{%
\executeiffilenewer{inkscape -z -D --file=#1.svg --export-pdf=#1.pdf --export-latex}%
\input{#1.pdf_tex}%
}
\hypersetup{%
	unicode=true,
	bookmarks=false
}


\title []%[Термостаты и Баростаты] % (optional, use only with long paper titles)
{Структура нуклеиновых кислот}

\subtitle{Строение и организация}

\author[Головин А.В.] % (optional, use only with lots of authors)
{Головин~А.В. \inst{1}}

\institute[ФББ МГУ] % (optional, but mostly needed)
{%
  \inst{1}%
  МГУ им М.В. Ломоносова, Факультет Биоинженерии и Биоинформатики 
   }

% - Use the \inst command only if there are several affiliations.
% - Keep it simple, no one is interested in your street address.

\date[ Осень, 2013] % (optional, should be abbreviation of conference name)
{Москва, 2013}
\subject{Структура НК}
% This is only inserted into the PDF information catalog. Can be left
% out. 


 \pgfdeclareimage[height=0.5cm]{university-logo}{msu-logo.png}
 \logo{\pgfuseimage{university-logo}}

% Delete this, if you do not want the table of contents to pop up at
% the beginning of each subsection:
\AtBeginSubsection[]
{%
  \begin{frame}<beamer>{Содержание}
    \tableofcontents[currentsection,currentsubsection]
  \end{frame}
}


% If you wish to uncover everything in a step-wise fashion, uncomment
% the following command: 

%\beamerdefaultoverlayspecification{<+->}




\makeatletter
\defbeamertemplate*{headline}{my theme}
{%
  \leavevmode%
    \begin{beamercolorbox}[wd=.3\paperwidth,ht=2.5ex,dp=0.125ex,right,rightskip=.1cm]{subsection in head/foot}%
      \vbox to 2.5ex {\vfil Раздел:\vfil}\end{beamercolorbox}%
    \begin{beamercolorbox}[wd=.7\paperwidth,ht=2.5ex,dp=0.125ex,left,leftskip=.1cm]{section in head/foot}%
      \vbox to 2.5ex {\vfil\insertsection\vfil}\end{beamercolorbox}%
}


\defbeamertemplate*{footline}{my theme}{%
    \leavevmode%
    \hbox{%
    \begin{beamercolorbox}[wd=.7\paperwidth,ht=2.25ex,dp=1ex,center]{author in head/foot} 
%\usebeamerfont{author in head/foot}%
        \insertshortauthor\hspace*{2ex}{(\insertshortinstitute)}
    \end{beamercolorbox}%
    \begin{beamercolorbox}[wd=.3\paperwidth,ht=2.25ex,dp=1ex,right]{date in head/foot}%
        \usebeamerfont{date in head/foot}\insertshortdate{}\hspace*{3em}
        \insertframenumber{} / \inserttotalframenumber\hspace*{1ex}
    \end{beamercolorbox}}%
}
\makeatother


\begin{document}

\begin{frame}[plain]
  \titlepage
\end{frame}

\begin{frame}{Содержание:}
\vspace{1cm}
  \tableofcontents
  % You might wish to add the option [pausesections]
\end{frame}


\section{Введение}
\begin{frame}{Нуклеиновые кислоты.}{}

	{\bf Нуклеиновые кислоты (НК)} – это высокомолекулярные линейные полярные биополимеры, {\bf полинуклеотиды}, которые построены из {\bf нуклеотидных остатков.} \\
	\vspace{1.0cm}
	{\bf 2 типа нуклеиновых кислот:}
	\begin{itemize}
		\item дезоксирибонуклеиновая кислота – ДНК
		\item \hspace{1.5cm}рибонуклеиновая кислота – РНК
	\end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}{ДНК}
	Расшифровка аббревиатуры ДНК:
	\vspace{1.0cm}
	\begin{itemize}
		\item	Д\textbf{Н}К – открытие и выделение \textbf{"нуклеина"} из ядер (нуклеус) лейкоцитов Ф. Мишером 1869 г.
		\item ДН\textbf{К} – линейный сополимер на основе ортофосфорной \textbf{кислоты}.
		\item \textbf{Д}НК – линейный сополимер ортофосфорной кислоты и \textbf{дезоксирибозы}
	\end{itemize}
\end{frame}	


\section{Химическое строение НК}

\begin{frame}{Дезоксирибоза и ортофосфорная кислота}
  \begin{center}
    \setatomsep{1.5em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
    2X
  %  \schemedebug{true}
    \schemestart[][west]
    \small\chemfig{%
        -[0]O-[0]^{5}-[6]^{4}?[c2]<[7]^{3}(-[,,,,line
        width=0.2em]^{2}>[1]^{1}(-[2]OH)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }\hspace{1cm}
    \arrow{-U>[
    \chemfig{\chemabove{O}{\hspace{1em}-}-P(=[2]O)(-[:-90]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})-\chemabove{O}{\hspace{1em}-}}
    ]}[0] 
        \chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
        width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?)-[6]O
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
        -[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
        width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }
 \schemestop
 \\
  %    \includegraphics[width=0.3\textwidth]{1.eps}

    \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Основания}
    \setatomsep{1.6em}%
	\begin{center}
      \footnotesize \begin{tabular}{c c c c}
          \chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)-(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)*6(
            -\chembelow{N}{H}(-[6,1.0,,,draw=none]\color{blue}9)-(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}8)=N?(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}7))
        =?(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)=N(-[3,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)-[,,1])} &

            \chemfig{*6((-[:-130]H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=[2]O)-HN-[,,2])}&
            \chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(-[2]NH_2)=N-[,,1])}&~\\[1.0cm]
            Пурин&Гуанин&Аденин& \\[.2cm]
             \hline\\[.2cm]
             \chemfig{*6((-[5,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)=N(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)-(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
             =(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)-(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)=N(-[3,0.6,,,draw=none]\color{blue}3)-)} &
            \chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(-[2]NH_2)=N-)} &
            \chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=-(=[2]O)-HN-[,,2])} &
            \chemfig{*6((=[5]O)-\chembelow{N}{H}-=(-[1])-(=[2]O)-HN-[,,2])} 
              \\[1.0cm]
            Пиримидин&Цитозин&Урацил&Тимин\\[.2cm]
             \hline

        \end{tabular}

%		\includegraphics[width=0.9\textwidth]{2.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Основания и остов}
	\begin{center}
    \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
   %   \draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
      \node (2) at (6,5) {N-гликозидная связь};
        \node (1) at (2,2) {%
              %
    \schemestart[][west]
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
     \small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
        width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?)-[6]O
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
        -[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
        width=0.2em]>[1](-[2]OH)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }
    \arrow{-U>[ 2B ]}[0] 
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
      \small\chemfig{-[0]O-[0]-[6]?<[7](-[,,,,line
        width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?)-[6]O
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{1em}-})
        -[0]O-[0]-[6]?[c2]<[7](-[,,,,line
        width=0.2em]>[1](-[2]B)-[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }
\schemestop};
\draw [orange,thick](2.south east) -- (2.south);
\draw [->,orange,thick] (2.south east) -- (6,3.8);
\end{tikzpicture}
	\end{center}
\end{frame}


\begin{frame}{Нуклеотид ДНК}
	\begin{center}
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
 % \draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
  \node (2) at (6,1.5) {N-гликозидная связь};
  \node (1) at (2,2) {%
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
  %  \schemedebug{true}
    \small
        \chemfig{-[6]O
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{-1em}-})
        -[0]O-[0](-[2,0.5,,,draw=none]\color{red}5')-[6]?[c2](-[5,0.5,,,draw=none]\color{red}4')
        <[7](-[5,0.5,,,draw=none]\color{red}3')(-[,,,,line width=0.2em]
        (-[2,0.5,,,draw=none]\color{red}2')>[1](-[6,0.5,,,draw=none]\color{red}1')(
        -[2,1.5]N*6((-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)
        -(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
        =(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)
        -(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)(-[2]NH_2) 
        =N(-[:90,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)
        -(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)(=[5]O)
        -
        ))
        -[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }
};
\draw [orange,thick](2.south) -- (2.south west);
\draw [->,orange,thick] (2.south west) -- (3.5,1.5);
\node (3) at (6,2.9) {Основание};
\draw [orange,thick,->](3.south) -- (3.south west) -- (4,3);
\node (4) at (0,4.5) {Ортофосфат};
\draw [orange,thick,->](4.south) -- (4.south east) -- (1,3);
\end{tikzpicture}
%		\includegraphics[width=0.7\textwidth]{4.eps}
	\end{center}
\end{frame}
%	\begin{center}
%		\includegraphics[width=0.7\textwidth]{4.eps}
%	\end{center}

\begin{frame}{Нуклеотид РНК}
	\begin{center}
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
 % \draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
  \node (2) at (6,1.5) {N-гликозидная связь};
  \node (1) at (2,2) {%
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
  %  \schemedebug{true}
    \small
        \chemfig{-[6]O
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{-1em}-})
        -[0]O-[0](-[2,0.5,,,draw=none]\color{red}5')-[6]?[c2](-[5,0.5,,,draw=none]\color{red}4')
        <[7](-[5,0.5,,,draw=none]\color{red}3')(-[,,,,line width=0.2em]
        (-[2,0.5,,,draw=none]\color{red}2')(-[6]OH)>[1](-[6,0.5,,,draw=none]\color{red}1')(
        -[2,1.5]N*6((-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)
        -(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
        =(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)
        -(-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)(=[2]O) 
        -HN(-[:90,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)
        -[,,2](-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)(=[5]O)
        -
        ))
        -[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }
};
\node (2) at (6,1.5) {N-гликозидная связь};
\draw [orange,thick,->](2.south) -- (2.south west) -- (3.5,1.5);
\node (3) at (6,2.9) {Основание};
\draw [orange,thick,->](3.south) -- (3.south west) -- (4,3);
\node (4) at (0,4.5) {Ортофосфат};
\draw [orange,thick,->](4.south) -- (4.south east) -- (1,3);
\end{tikzpicture}
%		\includegraphics[width=0.7\textwidth]{5.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Псевдоуридин}
	\begin{center}
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
 % \draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
  \node (2) at (6,1.5) {гликозидная связь};
  \node (1) at (2,2) {%
    \setatomsep{1.7em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
  %  \schemedebug{true}
    \small
        \chemfig{-[6]O
        -[6]P(=[:-90]O)(-[4]\chemabove{O}{\hspace{-1em}-})
        -[0]O-[0](-[2,0.5,,,draw=none]\color{red}5')-[6]?[c2](-[5,0.5,,,draw=none]\color{red}4')
        <[7](-[5,0.5,,,draw=none]\color{red}3')(-[,,,,line width=0.2em]
        (-[2,0.5,,,draw=none]\color{red}2')(-[6]OH)>[1](-[6,0.5,,,draw=none]\color{red}1')(
        -[2,1.5]*6((-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}5)
        =(-[7,0.5,,,draw=none]\color{blue}6)
        -HN(-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}1)
        -[,,1](-[6,0.5,,,draw=none]\color{blue}2)(=[2]O) 
        -HN(-[2,0.5,,,draw=none]\color{blue}3)
        -[,,2](-[1,0.5,,,draw=none]\color{blue}4)(=[5]O)
        -
        ))
        -[:160,1.3]O?[c2])-[6]O-[6]
    }
};
\draw [orange,thick](2.south) -- (2.south west);
\draw [->,orange,thick] (2.south west) -- (3.5,1.5);
\end{tikzpicture}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Цепь ДНК}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.5\textwidth]{7.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Двойная цепь ДНК}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.9\textwidth]{8.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Канонические взаимодействия}
	\begin{center}
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
  %\draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
  \node (1) at (4,2) {
    \setatomsep{1.9em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
    \chemfig{*6(-N(-[6])-(=[7]O)-NH?[n]-[,,1](=[2]O(
        -[1,1.75,,,dashed]H_2N-[7]
        *6(=N?[n,1,dashed]-=N-*5(-N(-[7])-=N-)=-[,,1])
        )
        )-(-[3])=)
         } 
         \chemfig{*6(-N(-[6])-(=[7]O?[o])-N?[n]=[,,1](-[2,1]NH_2(
        -[:30,2,,,dashed]O=[7]
        *6(-H?[n,1,dashed]N-[,,2](-[6]H_2?[o,1,dashed]N)=N-*5(-N(-[7])-=N-)=-[,,1])
        )
        )-=)
         }
     };
     \node (A) at  (2.25,1.5)  {\color{red}A};
     \node (T) at  (0.,0)   {\color{red}T};
     \node (C) at  (5,0)   {\color{red}C};
     \node (G) at  (8,1.5) {\color{red}G};
     \end{tikzpicture}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Неканонические взаимодействия}
	\begin{center}
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
  %\draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
  \node (1) at (1,2) {
    \setatomsep{1.9em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
    %\schemestart[][west]
    \chemfig{*6(-N(-[6])-(=[7]O)-NH?[n]-[,,1](=[2]O
        -[:30,1.75,,,dashed]HN*6(-(=[6]O?[n,1,dashed])-=-N(-[2])-[,,1](=[3]O)-)
        %)
        )-(-[3])=)
    }
    %\vspace{-8cm} 
};
\node (2) at (6,1) {
    \setatomsep{1.9em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
    \chemfig{
        NH_2(-[6]*6(-*5(-N=-N(-[6])-)=-N=-N?[n,1,dashed]=-[,,1]))
        -[:30,2,,,dashed]O=[7]
        *6(-H?[n,1,dashed]N-[,,2](-[6]H_2?[o,1,dashed]N)=N-*5(-N(-[7])-=N-)=-[,,1])
         }
     };
    % \node (A) at  (2.5,2.5)  {\color{red}A};
    % \node (T) at  (0.25,1)   {\color{red}T};
    % \node (C) at  (4.75,1)   {\color{red}C};
    % \node (G) at  (7.5,2.25) {\color{red}G};
     \end{tikzpicture}


		%\includegraphics[width=0.7\textwidth]{9.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Неканонические взаимодействия}
	\begin{center}
  \begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
  %\draw[help lines] (0,0) grid (8,4);    
\node (2) at (6,1) {
     \schemestart[][south west]
     \setatomsep{1.9em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
     \chemfig{
         -[:-72]N*5(-=N-(*6(-(=O@{o1})-N(-H@{n1})-(-NH_2)=N-))=-)     
         }
     \chemfig{
         -[:-162]N*5(-=N-(*6(-(=O@{o2})-N(-@{n2}H)-(-NH_2)=N-))=-)     
         }
    \arrow[-90,0.2,draw=none]
     \setatomsep{1.9em}\setcrambond{0.2em}{}{}%
     \chemfig{
         -[:18]N*5(-=N-(*6(-(=O@{o4})-N(-H@{n4})-(-NH_2)=N-))=-)     
         }
     \chemfig{
         -[:108]N*5(-=N-(*6(-(=O@{o3})-N(-H@{n3})-(-NH_2)=N-))=-)     
  }
  \chemmove[dashed]{
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=10pt](o1) -- (n4);
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=10pt](o2) -- (n1);
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=2pt](o3) -- (n2);
          \draw[shorten <=2pt,shorten >=10pt](o4) -- (n3);
  }
     \schemestop    
     };
    % \node (A) at  (2.5,2.5)  {\color{red}A};
    % \node (T) at  (0.25,1)   {\color{red}T};
    % \node (C) at  (4.75,1)   {\color{red}C};
    % \node (G) at  (7.5,2.25) {\color{red}G};
     \end{tikzpicture}


		%\includegraphics[width=0.7\textwidth]{9.eps}
	\end{center}
\end{frame}


\section{3D Структура ДНК}
\begin{frame}{Структура ДНК}
 \begin{center} 
         \setlength{\fboxsep}{0pt}
           \fcolorbox{black}{black}{%
         \movie[poster,autostart,width=0.72\linewidth, height=0.54\linewidth,loop]{%
        \hspace{1cm}\def\svgwidth{0.4\textheight}\includesvg{media-playback-start}
           }{dna-rot.avi}
        %\href{run:"as-m3.mpg?autostart&loop"}{ggggg}          
}
 \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}{Структура ДНК}
Структура ДНК впервые была предложена Watson и Crick в 1953 на основе результатов РСА низкого разрешения\\
	\vspace{1cm}
Основные свойства:
	\begin{itemize}
		\item Две антипараллельные цепи
		\item ДНК это двойная спираль
		\item Имеет две оси симметрии
	\end{itemize}
	\end{frame}

\begin{frame}{Взаимодействия в ДНК}
	Два типа взаимодействий гетероциклических оснований в ДНК. 
	\vspace{1cm}
	\begin{itemize}
		\item Копланарные взаимодействия (в одной плоскости). В основном реализуются как водородные связи.   
		\item Стопочные взаимодействия основаны на Ван-дер-Ваальсовых взаимодействиях.
		\end{itemize}
	\end{frame}

\begin{frame}{Спираль ДНК}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.95\textwidth]{s1.eps}
	\end{center}
\end{frame}


\begin{frame}{Атомы принадлежащие большой и малой бороздкам}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.9\textheight]{s2.eps}
	\end{center}
\end{frame}
		
\begin{frame}{Регулярные формы спирали ДНК}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.95\textwidth]{s3.eps}
	\end{center}
\end{frame}
		
\begin{frame}{Регулярные формы спирали ДНК}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.95\textwidth]{s4.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Торсионные углы НК}
	\begin{center}
    \setatomsep{2.5em}\setcrambond{2pt}{}{}%
    \chemfig{(-[@{alp}0]O-[@{bet}0]-[@{gam}6])?<[@{del}7,](-[@{eps}6,]O-[@{zet}6,])-[,,,,line width=2pt]%
    >[1](-[@{chi}2]N?[b]-[@{a1}:18]([:30]*6(-N=-N=(-[,0.5]NH_2)-=))-[:90]-[:162]N=^[:-126]?[b])-[:160,1.3]O?}
 \chemmove{%
     \draw[-stealth,thin,red]
     (chi).. controls +(0:5mm) and +(120:5mm).. node[right] {$\boldsymbol{\chi}$}(chi);
%     \draw[-stealth,thin,dash pattern= off 2pt off 2pt,red]
%     (chi).. controls +(0:5mm) and +(120:5mm).. node[right] {$\chi$} (chi);
%     \draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
     \draw[-stealth,thin,red]
     (alp).. controls +(-90:5mm) and +(120:5mm).. node[below]{$\boldsymbol\alpha$}(alp);
%     \draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
     \draw[-stealth,thin,red]
     (bet).. controls +(-90:5mm) and +(120:5mm).. node[below]{$\boldsymbol\beta$}(bet);
 %    \draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
     \draw[-stealth,thin,red]
     (gam).. controls +(0:5mm) and +(120:5mm).. node[right] {$\boldsymbol\gamma$}(gam);
 %    \draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
     \draw[-stealth,thin,red]
     (del).. controls +(-90:5mm) and +(60:5mm).. node[right]{$\boldsymbol\delta$}(del);
 %    \draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
     \draw[-stealth,thin,red]
     (eps).. controls +(0:5mm) and +(120:5mm).. node[above,right]{$\boldsymbol\epsilon$}(eps);
 %    \draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
     \draw[-stealth,thin,red]
     (zet).. controls +(0:5mm) and +(120:5mm).. node[right]{$\boldsymbol\zeta$}(zet);
%\draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red] (chi).. controls +(0:9mm) and +(120:9mm) .. node[sloped,above] {$\chi$} (chi);
}\\
\small\begin{tabular}{c c c c c c c c}
      Форма & $\alpha$ & $\beta$ & $\gamma$ & $\delta$ & $\epsilon$ & $\zeta$ & $\chi$ \\
    \hline \hline
      A-ДНК & 62 & 173 & 52 & 88/3 & 178 & -50 & -160 \\
      B-ДНК & 63 & 171 & 54 & 123/131 & 155 & -90 & -117 \\
    \hline
\end{tabular}
\end{center}
%		\includegraphics[width=0.9\textheight]{s5.eps}
\end{frame}

\begin{frame}{Конформация дезоксирибозы}
	\begin{center}
		\includegraphics[width=0.95\textwidth]{s6.eps}
	\end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Условия существования различных форм}
	 Разные формы ДНК переходят друг в друга при изменении условий внешней среды:\\
		\vspace{.5cm}
	\begin{itemize}
		\item В-форма стабильна при нормальных физиологических условиях
		\item Дегидратация, понижение относительной влажности до 0.75 инициирует переход B=>A
		\end{itemize}
		\vspace{.5cm}
			Пример: смеси вода-этанол(метанол) при росте доли спирта > 0.75 , переход B=>A\end{frame}


\begin{frame}{Переход ДНК из А в В форму в солевом растворе}
 \begin{center} 
         \setlength{\fboxsep}{0pt}
           \fcolorbox{black}{black}{%
         \movie[poster,autostart,width=0.72\linewidth, height=0.54\linewidth,loop]{%
        \hspace{1cm}\def\svgwidth{0.4\textheight}\includesvg{media-playback-start}
           }{dnaA2B_1.avi}
}
 \end{center}
\end{frame}
\begin{frame}{Переход ДНК из А в В форму в солевом растворе}
 \begin{center} 
         \setlength{\fboxsep}{0pt}
           \fcolorbox{black}{black}{%
         \movie[poster,autostart,width=0.72\linewidth, height=0.54\linewidth,loop]{%
        \hspace{1cm}\def\svgwidth{0.4\textheight}\includesvg{media-playback-start}
           }{dnaA2B_2.avi}
}
 \end{center}
\end{frame}

\section{Структура РНК}
\begin{frame}{Структура РНК}
 \begin{center} 
         \setlength{\fboxsep}{0pt}
           \fcolorbox{black}{black}{%
         \movie[poster,autostart,width=0.72\linewidth, height=0.54\linewidth,loop]{%
        \hspace{1cm}\def\svgwidth{0.4\textheight}\includesvg{media-playback-start}
    }{rib_3.avi}
}
 \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Структура РНК}
	Основные свойства.\\
	\vspace{.5cm}
	\begin{itemize}
		\item Одно-цепочечная  молекула
		\item В клетке найдено множество видов РНК и каждый из них имеет специфичную функцию. 
		\end{itemize}
	\vspace{.5cm}
Основные типы: рРНК, мРНК, тРНК.
	\end{frame}

\begin{frame}{РНК и ДНК}
	\begin{center}
		\includegraphics[height=0.8\textheight]{rna.png}
		\includegraphics[height=0.8\textheight]{dna.png}
		\end{center}
    \end{frame}
	
\begin{frame}{Почему важна структура РНК?}
	Структура РНК определяет её функцию:
	\begin{itemize}
		\item Регуляторная
		\item Структурная
		\item Каталитическая (рибозимы)
		\end{itemize}
		\vspace{1cm}
Некоторые вирусы имеют РНК геном (HIV,грипп).
\end{frame}

\section{Вторичная  структура РНК}
\begin{frame}{Вторичная  структура РНК}
	\begin{center}
	\includegraphics[width=0.95\textwidth]{s7.eps}
    \end{center}
\end{frame}
\begin{frame}{Вторичная  структура РНК}
	\begin{center}
	\includegraphics[width=0.9\textwidth]{s8.png}
	
    \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Возможность предсказания вторичной структуры}
	\begin{center}
	\includegraphics[width=0.9\textwidth]{s9.eps}
    \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{Расчёт энергии структуры по алгоритму Зукера}
	\begin{center}
	\includegraphics[width=0.9\textwidth]{s10.eps}
    \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}{РНК, которые трудно предсказать алгоритмом Зукера}
     \begin{itemize}
        \item РНК связанная с белками.  
        \item Длинные РНК.
		\item Псевдоузлы.
		\end{itemize}
	\end{frame}


\begin{frame}{Моделирование структуры}
	\begin{center}
		\includegraphics[height=0.7\textheight]{rnam1.png}
		\includegraphics[height=0.7\textheight]{rnam2.png}
		\end{center}
    \end{frame}


\begin{frame}{Вопросы?}
\end{frame}





%%===========================
	
\end{document}


