dNTPases

Цель - получить сетап, который позволяет оптимально производить расчет барьера реакции

В качестве метрики, оптимальности сетапа - количество шагов (время до сходимости) + смотрим непосредственно барьер
Оптимальный сетап - достижение сходимости за 50 пс.
Оценка сходимости и расчет барьера исходя из sum_hills.

Отработка сетапа на системе минимального размера дикого типа MnmE.

Также провести оценку времени расчетов для полноразмерной системы на разном количестве тредов ( 1, 2, 4). (вопрос 21.05.2021 от Андрея Викторовича)

Варианты, которые можно проверить, для достижения цели.

1) старт всех rs с небольшим height (=2) - цель посмотреть насколько текущий пайплайн хороших/плохой
2) старт 4 rs+4 ps и height (2)
3) может увеличить height для системы в 2)
4) все с разных состояний, height=2
5) все с разных состояний, height=4
5) что-то еще придумать...

по достижении получении оптимального пайплайна переход к большой системе по идее время до сходимости такое же. Если нет, то мб больше состояний, которых нет в минимальной?