Adbm2017 pr3
Version 1 (Arthur Zalevsky, 23.03.2017 17:59)
| 1 | 1 | Arthur Zalevsky | h2. Домашнее задание |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 3 | 1 | Arthur Zalevsky | Вы должны уверенно освоить следующий список приемов: |
| 4 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 5 | 1 | Arthur Zalevsky | # Умение открывать и анализировать хроматограммы, полученные методом секвенирования по Сэнгеру |
| 6 | 1 | Arthur Zalevsky | # Первичная обработка прочтений: тримминг, выравнивание парных ридов (сборка контигов) |
| 7 | 1 | Arthur Zalevsky | # Обработка прочтений: анализ сложных ситуаций, выбор корректного нуклеотида |
| 8 | 1 | Arthur Zalevsky | # Экспорт консенсусной последовательной в формате fasta |
| 9 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 10 | 1 | Arthur Zalevsky | h3. Задания |
| 11 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 12 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Установите и запустите один из инструментов для работы с хроматограммами |
| 13 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 14 | 1 | Arthur Zalevsky | Я рекомендую использовать "SeqTrace":https://github.com/racaljk/seqtrace или "CodonCodeAligner":http://www.codoncode.com/aligner/ |
| 15 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 16 | 1 | Arthur Zalevsky | Для работы SeqTrace потребуется PyGTK. |
| 17 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 18 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Выберите объект |
| 19 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 20 | 1 | Arthur Zalevsky | Для дальнейше работы выберите себе пару прочтений от одного из организмов http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/hse/adbm2017/sanger/raw/ |
| 21 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 22 | 1 | Arthur Zalevsky | * 16S - 16S РНК |
| 23 | 1 | Arthur Zalevsky | * 18S - фрагменты (I, II, III) 18S РНК |
| 24 | 1 | Arthur Zalevsky | * H3 - гистон H3 |
| 25 | 1 | Arthur Zalevsky | * NN - негативный контроль |
| 26 | 1 | Arthur Zalevsky | * <empty> - 1 субъединица цитохром c оксидазы |
| 27 | 1 | Arthur Zalevsky | * F и R - прямой и обратный праймеры |
| 28 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 29 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Просмотрите выбранные хроматограммы |
| 30 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 31 | 1 | Arthur Zalevsky | Просмотрите хроматограммы, чтобы убедиться, что они разумного качества и вы сможете выцепить из них данные приемлимого качества. |
| 32 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 33 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Подберите параметры тримминга |
| 34 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 35 | 1 | Arthur Zalevsky | В параметрах (File -> Project settings) поиграйтесь с параметрами тримминга (количество успешно распознанных нуклеотидов, минимальное качество нуклеотида и т.д.). Подберите качество так, чтобы при просмотре последовательности (Trace - View selected trace), увиденное не вызывало у вас внутреннего протеста. Попробуйте сравнить подобранные вами значения со значениями из других программ (CodonCode Aligner, например) или литературы. |
| 36 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 37 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Объедините последовательности |
| 38 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 39 | 1 | Arthur Zalevsky | Т.к. представленные хроматограммы соответствуют одной и той же последовательности, попробуйте их сгруппировать в контиги (Traces - Group selected traces). Посмотрите на консенсусную последовательность (нижняя строчка) и оцените количество артефактов в последовательности. |
| 40 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 41 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Исправьте ошибки |
| 42 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 43 | 1 | Arthur Zalevsky | Перемещаясь по консенсусной последовательности, найдите все артефакты и постарайтесь их исправить, оперируя выделениями в консенсусной последовательности и кнопками Modify... или Delete... . В процессе редактирования соберите коллекцию из нескольких (минимум 3х) примеров артефактов секвенирования. Например: |
| 44 | 1 | Arthur Zalevsky | * Пик сигнала неотличим от шума |
| 45 | 1 | Arthur Zalevsky | * Пики от нескольких идентичных нуклеотидов сливаются/размываются |
| 46 | 1 | Arthur Zalevsky | * На пик наложилась "грязь" существенно превышающая его по интенсивности |
| 47 | 1 | Arthur Zalevsky | * Нарушена частота пиков. Пик "съехал" относительно ожидаемого положения или вклинился шум |
| 48 | 1 | Arthur Zalevsky | * etc |
| 49 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 50 | 1 | Arthur Zalevsky | Для каждой такой ситуации сделайте скриншот и кратко поясните, почему вы решили исправить ситуацию тем или иным способом. |
| 51 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 52 | 1 | Arthur Zalevsky | h4. Экспортируйте последовательность |
| 53 | 1 | Arthur Zalevsky | |
| 54 | 1 | Arthur Zalevsky | Для экспорта в формате fasta спользуSequence - Export Sequence... |