Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Использование GNU parallel

Итак, есть задача по запуску счёта для некоторого количества задач.

Чаще всего используется скрипт с циклом:

<pre>

for i in $(seq 0 6);do

#    mkdir model_${i}

##    remove OXT and H1-H2, rename H3 to H in original autodock pdb

    echo "save model_${i}/pep.pdb, all, $i"

    cat flex_short.pdb   model_${i}/pep.pdb > model_${i}/compl.pdb

 cd model_${i}     

     FlexPepDocking.linuxgccrelease -s compl.pdb  -flexpep_prepack  -ex1 -ex2aro \

     -peptide_chain A -receptor_chain H >& log.prepack 

     FlexPepDocking.linuxgccrelease -s compl_0001.pdb -receptor_chain H  -peptide_chain A \

     -out:file:silent decoys.silent -out:file:silent_struct_type binary \

     -pep_refine -ex1 -ex2aro -use_input_sc  -nstruct 300  >& log.run &

 cd ..    

done

</pre>

Часто, в ходе работы надо коментировать некторые строки, так как эти задачи уже выполнены. Так же не плохо бы было реализовать эффективное использование всех вычмслительных ядер компьютера.

Давайте я предложу несколько примеров как эти шаги можно эффективно реализовать с GNU parallel:

h5. Сделать N директорий:

<pre>

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: {1..6}

or

export n=6 

parallel --gnu mkdir model_{1} ::: $(seq 1 $n)

</pre>