Rosetta
Version 1 (Andrey Golovin, 12.01.2015 18:03)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | h1. Rosetta-Tips |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | h3. Fragments: |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | Генерация |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | /home/domain/anur/progs/rosseta/main/source/bin/fragment_picker.default.linuxgccrelease -in:file:fasta 1.fasta -in:file:vall /home/domain/anur/progs/rosseta/tools/fragment_tools/vall.apr24.2008.extended.gz -out::file::frag_prefix pep-1 -frags::frag_sizes 9 5 3 |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | Если последовательность вашего белка идёт не первой цепью, то надо сдвинуть остатки в файле фрагментов: |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | cp ~/progs/rosseta/demos/protocol_capture/2010/FlexPepDock_AbInitio/scripts/frags/shift.sh . |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | ./shift.sh pep-1.200.3mers 276 > pep-1.200.shift.3mers |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |