Edit History

Wiki »

Rosetta

Version 2 (Andrey Golovin, 12.01.2015 18:04)

1 1 Andrey Golovin 
h1. Rosetta-Tips
2 1 Andrey Golovin 





    3
    2
    Andrey Golovin
    
{{toc}}





    4
    2
    Andrey Golovin
    





    5
    1
    Andrey Golovin
    
h3. Fragments:





    6
    1
    Andrey Golovin
    





    7
    1
    Andrey Golovin
    
Генерация





    8
    1
    Andrey Golovin
    





    9
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    10
    1
    Andrey Golovin
    
/home/domain/anur/progs/rosseta/main/source/bin/fragment_picker.default.linuxgccrelease -in:file:fasta 1.fasta -in:file:vall /home/domain/anur/progs/rosseta/tools/fragment_tools/vall.apr24.2008.extended.gz -out::file::frag_prefix pep-1 -frags::frag_sizes 9 5 3





    11
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>





    12
    1
    Andrey Golovin
    





    13
    1
    Andrey Golovin
    
Если последовательность вашего белка идёт не первой цепью, то надо сдвинуть остатки в файле фрагментов:





    14
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    15
    1
    Andrey Golovin
    
cp ~/progs/rosseta/demos/protocol_capture/2010/FlexPepDock_AbInitio/scripts/frags/shift.sh .





    16
    1
    Andrey Golovin
    
./shift.sh  pep-1.200.3mers 276 > pep-1.200.shift.3mers





    17
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>