Edit History

Wiki »

Rosetta

Version 4 (Anton Vasetenkov, 12.01.2015 18:15)

1 1 Andrey Golovin 
h1. Rosetta-Tips
2 1 Andrey Golovin 





    3
    2
    Andrey Golovin
    
{{toc}}





    4
    2
    Andrey Golovin
    





    5
    3
    Andrey Golovin
    
h3. Installation





    6
    3
    Andrey Golovin
    





    7
    3
    Andrey Golovin
    
При сомпиляции в Ubuntu 14.10 c OpenMpi возникает ошибка:





    8
    3
    Andrey Golovin
    
<pre>





    9
    3
    Andrey Golovin
    
src/protocols/wum2/EndPoint.cc:21:42: error: a function call cannot appear in a constant-expression





    10
    3
    Andrey Golovin
    
src/protocols/wum2/EndPoint.cc:21:44: error: template argument 1 is invalid





    11
    3
    Andrey Golovin
    
</pre>





    12
    4
    Anton Vasetenkov
    
Антон Васетенков предлагает:





    13
    3
    Andrey Golovin
    
<pre>





    14
    3
    Andrey Golovin
    
//anton commented this





    15
    3
    Andrey Golovin
    
//EndPoint::EndPoint( boost::function < uint64_t () > role_available_mem  ) : role_available_mem_( role_available_mem) {}





    16
    3
    Andrey Golovin
    





    17
    3
    Andrey Golovin
    
//anton added this





    18
    3
    Andrey Golovin
    





    19
    3
    Andrey Golovin
    
EndPoint::EndPoint( boost::function < boost::uint64_t () > role_available_mem ) : role_available_mem_( role_available_mem) {}





    20
    3
    Andrey Golovin
    
</pre>





    21
    3
    Andrey Golovin
    





    22
    1
    Andrey Golovin
    
h3. Fragments:





    23
    1
    Andrey Golovin
    





    24
    1
    Andrey Golovin
    
Генерация





    25
    1
    Andrey Golovin
    





    26
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    27
    1
    Andrey Golovin
    
/home/domain/anur/progs/rosseta/main/source/bin/fragment_picker.default.linuxgccrelease -in:file:fasta 1.fasta -in:file:vall /home/domain/anur/progs/rosseta/tools/fragment_tools/vall.apr24.2008.extended.gz -out::file::frag_prefix pep-1 -frags::frag_sizes 9 5 3





    28
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>





    29
    1
    Andrey Golovin
    





    30
    1
    Andrey Golovin
    
Если последовательность вашего белка идёт не первой цепью, то надо сдвинуть остатки в файле фрагментов:





    31
    1
    Andrey Golovin
    
<pre>





    32
    1
    Andrey Golovin
    
cp ~/progs/rosseta/demos/protocol_capture/2010/FlexPepDock_AbInitio/scripts/frags/shift.sh .





    33
    1
    Andrey Golovin
    
./shift.sh  pep-1.200.3mers 276 > pep-1.200.shift.3mers





    34
    1
    Andrey Golovin
    
</pre>