SelfAss
Version 1 (Andrey Golovin, 19.04.2013 20:03)
| 1 | 1 | Andrey Golovin | |
|---|---|---|---|
| 2 | 1 | Andrey Golovin | h1. Моделирование самосборки липидного бислоя |
| 3 | 1 | Andrey Golovin | h1. Моделирование самосборки липидного бислоя |
| 4 | 1 | Andrey Golovin | |
| 5 | 1 | Andrey Golovin | # Создайте рабочую директорию на диске Н: типа Ivanov/md, где Ivanov это ваш логин на kodomo. |
| 6 | 1 | Andrey Golovin | # Вам даны файлы: |
| 7 | 1 | Andrey Golovin | * дополнительной топологии для липида DPPC, [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/dppc.itp|dppc.itp]]. |
| 8 | 1 | Andrey Golovin | * параметры для липидов [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/lipid.itp|lipid.itp]]. |
| 9 | 1 | Andrey Golovin | * координаты одного липида [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/dppc.gro| dppc.gro]]. |
| 10 | 1 | Andrey Golovin | * Файл-заготовка тополгии системы [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/b.top|b.top]]. |
| 11 | 1 | Andrey Golovin | * файл праметров для минимизации энергии [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/em.mdp| em.mdp]]. |
| 12 | 1 | Andrey Golovin | * файл праметров для "утряски" воды pr.mdp [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/pr.mdp| pr.mdp ]]. |
| 13 | 1 | Andrey Golovin | * файл праметров для молекулярной динамики [[http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/md.mdp| md.mdp ]]. |
| 14 | 1 | Andrey Golovin | скачайте их в рабочую директорию. |
| 15 | 1 | Andrey Golovin | 1.#3 Скопируйте файлы. Зайдите на удалённую машину через Putty и перейдите в рабочую директорию. |
| 16 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 17 | 1 | Andrey Golovin | cd Ivanov/md |
| 18 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 19 | 1 | Andrey Golovin | 1.#4 На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами. |
| 20 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 21 | 1 | Andrey Golovin | genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4 |
| 22 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 23 | 1 | Andrey Golovin | c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol. |
| 24 | 1 | Andrey Golovin | 1.#5 В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе. |
| 25 | 1 | Andrey Golovin | 1. Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды. |
| 26 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 27 | 1 | Andrey Golovin | editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5 |
| 28 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 29 | 1 | Andrey Golovin | 1.#7 Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул. |
| 30 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 31 | 1 | Andrey Golovin | grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2 |
| 32 | 1 | Andrey Golovin | mdrun -deffnm b_em -v |
| 33 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 34 | 1 | Andrey Golovin | Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы. |
| 35 | 1 | Andrey Golovin | 1.#8 Добавим в ячейку молекулы воды типа spc. |
| 36 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 37 | 1 | Andrey Golovin | genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s |
| 38 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 39 | 1 | Andrey Golovin | 1.#9 Проведём "утряску" воды: |
| 40 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 41 | 1 | Andrey Golovin | grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1 |
| 42 | 1 | Andrey Golovin | mdrun -deffnm b_pr -v |
| 43 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 44 | 1 | Andrey Golovin | 1.#10 Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчёт. |
| 45 | 1 | Andrey Golovin | 1.#11 Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию: |
| 46 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 47 | 1 | Andrey Golovin | cd .. |
| 48 | 1 | Andrey Golovin | scp -r md/* skif:fbb/Ivanov/ |
| 49 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 50 | 1 | Andrey Golovin | 1.#12 Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере. |
| 51 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 52 | 1 | Andrey Golovin | ssh skif |
| 53 | 1 | Andrey Golovin | cd fbb/Ivanov |
| 54 | 1 | Andrey Golovin | grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1 |
| 55 | 1 | Andrey Golovin | mpirun -np 16 -q test -maxtime 5 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v |
| 56 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 57 | 1 | Andrey Golovin | Запишите номер Вашей задачи. |
| 58 | 1 | Andrey Golovin | Просмотреть ход счёта можно в файле mdrun_mpi.out-.... |
| 59 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 60 | 1 | Andrey Golovin | less mdrun_mpi.out-.... |
| 61 | 1 | Andrey Golovin | Нажмите shift+. для перехода в конец файла. |
| 62 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 63 | 1 | Andrey Golovin | Если файл не содержит ошибок, то переходим дальше: |
| 64 | 1 | Andrey Golovin | 1.#13 Запускаем основное моделирование на суперкомпьтере. |
| 65 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 66 | 1 | Andrey Golovin | mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v |
| 67 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |
| 68 | 1 | Andrey Golovin | Запишите номер Вашей задачи. |
| 69 | 1 | Andrey Golovin | <pre> |
| 70 | 1 | Andrey Golovin | less mdrun_mpi.out-.... |
| 71 | 1 | Andrey Golovin | Нажмите shift+. для перехода в конец файла. |
| 72 | 1 | Andrey Golovin | </pre> |