Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы

h1. Макромолекулярный докинг

Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.

# Вся работа будет происходить на shadbox (cм. предыдущие практикумы).

# Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM.

<pre>

cp ~/materials/zdock/* .

</pre>

# Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обеим pdb исполльзуя pdb2gmx. 

Пример: 

<pre>pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p</pre>

Используйте силовое поле Gromos. Опция *-ignh* позволит избежать ошибки об *unknown atoms*.

# С помощью утилиты *mark_sur* проведём препроцессинг файлов pdb. 

Пример: 

<pre>mark_sur my.pdb my_m.pdb</pre>

# Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита *mark_sur*, внесите ваше предположение в отчёт.

# Прочитайте информацию об использовании *zdock* просто запустив его.

 + Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER +

# Запустите сам процесс докинга.

# Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank: 

>Забавно, но для работы zrank  НАДО удалить третью строчку в zdock.out где три значения и все равны нулю

<pre>zrank zdock.out 1 100</pre>

     или

<pre>create.pl zdock.out

ls complex*pdb >list

zrank list

</pre>

# Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt.

# * Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию **-D** программы **zdock**

# * Попробуйте найти в ваших  результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash  с использованием g_rms.