Edit History

Wiki »

Sirius1

Version 12 (Arthur Zalevsky, 13.12.2016 10:06)

1 1 Arthur Zalevsky 
h1. Задания
2 1 Arthur Zalevsky 





    3
    9
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 1





    4
    9
    Arthur Zalevsky
    





    5
    9
    Arthur Zalevsky
    
* Лекция о структурной биоинформатике





    6
    9
    Arthur Zalevsky
    
* Знакомство





    7
    9
    Arthur Zalevsky
    
* Формулы химических веществ, IUPAC, SMILES





    8
    9
    Arthur Zalevsky
    





    9
    2
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 2





    10
    2
    Arthur Zalevsky
    





    11
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Выберите несколько лекарств из "Перечня":http://government.ru/media/files/MzyV0Mmm2FoDAP7AWAAVLLpjoLoiShib.pdf жизненноважных препаратов и попробуйте:





    12
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Найти их описания





    13
    1
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html cамостоятельно нарисовать их структуры по названиям и сравнить получившиеся с оригиналами





    14
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Cкопировать структуры и сгенерировать названия и сравнить с оригиналами





    15
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте разные инструменты, например, 2D оптимизацию





    16
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Попробуйте сохранить изображения ваших веществ





    17
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Сохраните в отдельный файл сгенерированные SMILES нотации





    18
    1
    Arthur Zalevsky
    
* Для тех же соединений попробуйте построить 3D структуры в программе avogadro





    19
    1
    Arthur Zalevsky
    
* А теперь попробуйте построить структуры на основе SMILES (File -> insert -> SMILES). Что было быстрее?





    20
    9
    Arthur Zalevsky
    





    21
    9
    Arthur Zalevsky
    
* Введение в Докинг





    22
    2
    Arthur Zalevsky
    





    23
    2
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 3





    24
    2
    Arthur Zalevsky
    





    25
    2
    Arthur Zalevsky
    
* В "редакторе":http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/marvin.html изобразите аспирин и сгенерируйте для него 2D структуру





    26
    2
    Arthur Zalevsky
    
* Сгенерируйте для него 3D структуру в Avogadro и сохраните в формате PDB





    27
    5
    Arthur Zalevsky
    
* Найдите потенциальные мишени для аспирина и внесите их в "таблицу":http://goo.gl/rRqWzf





    28
    2
    Arthur Zalevsky
    





    29
    2
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    30
    3
    Arthur Zalevsky
    
python /tmp/genbox.py 3jut.pdb





    31
    3
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 3jut.pdb





    32
    3
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l aspirin.pdb





    33
    3
    Arthur Zalevsky
    
vina --config vina.cfg --receptor 3jut.pdbqt --ligand aspirin.pdbqt





    34
    1
    Arthur Zalevsky
    
pymol 3jut.pdb aspirin_out.pdbqt





    35
    10
    Arthur Zalevsky
    





    36
    10
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/process_VinaResult.py -r 2c4f.pdbqt -f aspirin_out.pdbqt





    37
    10
    Arthur Zalevsky
    
python /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f aspirin_out_model1.pdbqt





    38
    2
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    39
    6
    Arthur Zalevsky
    





    40
    6
    Arthur Zalevsky
    
h2. День 4 





    41
    6
    Arthur Zalevsky
    





    42
    6
    Arthur Zalevsky
    
Презентация про "PyMol":http://vsb.fbb.msu.ru/dmsf/files/218/download





    43
    7
    Arthur Zalevsky
    
Самый простой вариант:





    44
    7
    Arthur Zalevsky
    
<pre>





    45
    11
    Arthur Zalevsky
    
set opaque_background, 0





    46
    7
    Arthur Zalevsky
    
ray





    47
    7
    Arthur Zalevsky
    
save pic.png





    48
    7
    Arthur Zalevsky
    
</pre>





    49
    7
    Arthur Zalevsky
    





    50
    6
    Arthur Zalevsky
    
Примеры "графиков":https://plot.ly/python/





    51
    8
    Arthur Zalevsky
    





    52
    8
    Arthur Zalevsky
    
Программы для монтажа видео:





    53
    8
    Arthur Zalevsky
    
* "OBS":https://obsproject.com/





    54
    8
    Arthur Zalevsky
    
* "Openshot":https://obsproject.com/





    55
    12
    Arthur Zalevsky
    





    56
    12
    Arthur Zalevsky
    
h2. Результат 





    57
    12
    Arthur Zalevsky
    





    58
    12
    Arthur Zalevsky
    
{{video(http://vsb.fbb.msu.ru/share/aozalevsky/sirius/viz_team1.mp4)}}