Сириус - фибринолиз » Плазмин

05.10.2021

13:37 Production #448: Стартовые системы

Рекомендации по запуску
Запускать на xwing или gpu
Если на gpu, смотреть через nvidia-smi, какая gpu сейчас свобо... Alexander Zlobin

03.10.2021

01:32 Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/pls_sk_out.gro
Путь к комплексу плазминоген и стрептокиназы. ... Egor Ilin

30.09.2021

18:09 Production #448: Стартовые системы

Прикрепляю архив и опись некоторых статей в списке. Последняя из описанных рассматривает 1BML, смотрели на поведение ... Egor Ilin

20.09.2021

18:55 Production #448: Стартовые системы

По поводу ионов - ну, конечно depends. Если мы подозреваем, что конформация белка может меняться от ионной силы раств... Alexander Zlobin

11:14 Production #448: Стартовые системы

Делаю плазминоген. Нашел структуры 4duu, разрешение паршивое, но что есть. Там есть вопрос про остатки в области 255/... Egor Ilin

18.09.2021

14:15 Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_solv_ions готовый файл плазмина. Во время добавления ионов я взял параметр neu... Egor Ilin

09.09.2021

15:27 Production #448: Стартовые системы

Результаты альфафолда. Забавно, что он фолдит стрептокиназу прямо как в кристалле, при том, что плазмин отсутствует. ... Alexander Zlobin

07.09.2021

17:58 Production #448: Стартовые системы

Сделал стартовую систему. Лежит в папке home/domain/egor22366/plasmin/1_model_solv_ions.gro. В качетве mdp файла взял... Egor Ilin