Сириус - фибринолиз » Плазмин

18.10.2021

14:05 Exploration #457 (New): Обзор по гидролазам

Возникла мысль о том, что весьма полезно было бы сделать крупный литературный обзор по гидролазам, который мог бы пом... July Belyaeva

13:59 Production #448: Стартовые системы

Так, супер-важное изменение. В будущем нам надо будет прочекать, какая структура стабильнее -
а) где Н-конец актива... Alexander Zlobin

13:55 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

Юля, как договаривались, передаю тебе этот тикет.
Папка, где я делал расчеты:
/home/domain/data/zlobin/2021/plasm... Alexander Zlobin

11.10.2021

18:05 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*Задание на неделю 11-18*
1.1. Посчитать в 3 повторностях динамики плазмина: Nneu-AspH и Nchg-Asp. CHARMM36m ибо в а... Alexander Zlobin

17:28 Project #455 (In Progress): Гидролиз-активация плазмина

Часть отчетной кампании по Сириусу
Хотим пронаблюдать весь процесс между разрезанием активирующей петли и перестро... Alexander Zlobin

10.10.2021

23:05 Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/npt.gro
/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_... Egor Ilin

05.10.2021

13:37 Production #448: Стартовые системы

Рекомендации по запуску
Запускать на xwing или gpu
Если на gpu, смотреть через nvidia-smi, какая gpu сейчас свобо... Alexander Zlobin

03.10.2021

01:32 Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/plasmin/plasmin_sk/plasmin_sk_2/pls_sk_out.gro
Путь к комплексу плазминоген и стрептокиназы. ... Egor Ilin

30.09.2021

18:09 Production #448: Стартовые системы

Прикрепляю архив и опись некоторых статей в списке. Последняя из описанных рассматривает 1BML, смотрели на поведение ... Egor Ilin

20.09.2021

18:55 Production #448: Стартовые системы

По поводу ионов - ну, конечно depends. Если мы подозреваем, что конформация белка может меняться от ионной силы раств... Alexander Zlobin

11:14 Production #448: Стартовые системы

Делаю плазминоген. Нашел структуры 4duu, разрешение паршивое, но что есть. Там есть вопрос про остатки в области 255/... Egor Ilin