Сириус - фибринолиз » Плазмин

03.12.2021

16:33 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

По поводу траекторий
Исходно положение протонов в серине 193 и тирозине 231 неверное (в em_w.gro). Из-за этого 193 м... Alexander Zlobin

02.12.2021

23:23 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

Я могу быть не права в своих идеях, но обрати, пожалуйста, внимание, когда будешь читать на статью: https://journals.... July Belyaeva

17:59 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*200-нс динамика (chg)*:
/home/domain/data/julybel/plasmin-2021/prep-30-11-21/coo-nh3/fitted.xtc
/home/domain/data/... July Belyaeva

30.11.2021

12:29 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*Заметка для себя*
Трипсин в апо-форме: 5MNF
Разрешение: 0.99 Å (2018)
Переподготовлю систему, сделаю более д... July Belyaeva

27.11.2021

13:08 Production #448: Стартовые системы

Посмотрел первые 50 наносекунд комплекса плазминогена со стрептокиназой. Он разваливается((. Файл /home/domain/data/i... Egor Ilin

13.11.2021

10:57 Production #448: Стартовые системы

*update gpu* дает больше всего прирост. Его надо использовать *всегда*, если есть гпу.
Остальные флаги включены. Р... Alexander Zlobin

10:46 Production #448 (In Progress): Стартовые системы

Используй tmux, чтобы создавать набор терминалов на сервере, которые будут работать, когда ты уже закроешь все со сво... Alexander Zlobin

12.11.2021

16:17 Project #455: Гидролиз-активация плазмина

*Некоторые добавления по теории*
1) Статья: [[https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/pro.2532]]
Рассмат... July Belyaeva

09.11.2021

01:14 Production #448: Стартовые системы

Продинамил плазминоген со стептокиназой. Проучилось 13.7 нс. Ставил на 20, но отключился терминал ( не знаю как это с... Egor Ilin

08.11.2021

13:10 Production #448: Стартовые системы

/home/domain/egor22366/pls_sl/iter_2/complex_w.gro Egor Ilin

06.11.2021

23:09 Production #448: Стартовые системы

Обновил модельку в pls_sl. Вроде должно быть ок. Возможно убил не всю ненужную воду. Egor Ilin

05.11.2021

13:48 Production #448: Стартовые системы

Что-то не так с complex_w.gro
gromacsplugin) Error reading atom 162228 from file, file does not match format
Obj... Alexander Zlobin

04.11.2021

16:29 Production #448: Стартовые системы

Сделал модели белков( плазмин, плазминоген и их комплексы со стрептокиназой). Пока ионы не добавлял, нужен опытный вз... Egor Ilin