Киназы антибиотикорезистентности

24.06.2021

23:10 Production #397: Подготовка систем

*Пересобранные системы лежат по следующему пути*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems/
.gro каждо... July Belyaeva

15:07 Production #397: Подготовка систем

Есть системы, где неверное число атомов в GRO, также есть системы с неверно расположенным АТФ. Насколько это одни и т... Alexander Zlobin

15.06.2021

13:32 Production #397: Подготовка систем

*Системы (белок+амикумацин+amp-pnp+ионы) лежат по следующему пути*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/syst... July Belyaeva

09:38 Production #397: Подготовка систем

Обновлю порядок атомов в itp для амикумация и amp-pnp July Belyaeva

14.06.2021

23:14 Production #397: Подготовка систем

*.gro всех систем*:
/home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/systems-gro/
*Системы*:
/home/domain/data/julyb... July Belyaeva

31.05.2021

17:09 Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Пути до файлов с топологией*:
1) /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/amp-pnp/parameterize/parameters/GAFF2/... July Belyaeva

16:56 Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Слияние топологий*:
- в файле /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/*amp-pnp*/parameterize/parameters/GAFF2/m... July Belyaeva

12:11 Production #395: Параметризация AMP-PNP

*Запуск parameterize для amp-pnp и amp-pnph производится со следующими параметрами*:
> parameterize Mol_m1-o1.mol2 -... July Belyaeva