Киназы антибиотикорезистентности

Нужно дополнительное напоминание о процедуре запуска RESP (ранее этого не делала) на одном примере.

Также нужны дополнительные комментарии по поводу parameterize:
- где взять параметры для запуска, чтобы его протокол соответствовал собранным ранее системам с АТФ?
- где его запускать (упоминалось, что не на src)?

Шаги работы для получения зарядов¶

1. Структуры AMP-PNP, AMP-PNP-h, и двух хвостов нарисовать в авогадро. Присвоить атомам названия аналогичные таковым у ATP в наших готовых параметрах.
2. Пример папки с проведенным RESP: /home/domain/data/zlobin/2021/kinase/params/ATH/full_resp. Взять оттуда файл RED.cfg
3. Входной файл - структура в формате pdb. Запустить Ante_RED-1.5.pl <pdb_file>. Среди файлов выдачи есть файл формата p2n. Скопировать его, назвав копию Mol_red1.p2n. Внутри прописать правильный суммарный заряд в графе CHARGE-VALUE
4. Запустить RED-vIII.51.pl

Нужные для нас заряды находятся в Data-RED/Mol_m1-o1.mol2. Нужно усреднить заряды у эквивалентных атомов, если РЕД сам не справился с осознанием их эквивалентности.

Шаги работы для запуска parameterize¶

1. Входной файл - mol2 с прописанными зарядами из RED
2. Логинься ко мне, от меня - на макарыч (ssh makarich, пароль тот же, что и для ломоносова). Создай папку, закинь туда нужный файл.
3. Пример запуска можно посмотреть тут: /home/vsbg/work/kinase/frag_parm. Возьми оттуда run.bash. Модифицируй внутри имя файла, заряд.
4. Поставить расчет в очередь: qsub run,bash
5. Посмотреть состояние очереди: qstat
6. Ждать около суток

Запуск parameterize для amp-pnp и amp-pnph производится со следующими параметрами:

parameterize Mol_m1-o1.mol2 -c -4 —charge-type None -n 6 —no-dihed —min-type

None —scan-type None

Слияние топологий:
- в файле /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/*amp-pnp*/parameterize/parameters/GAFF2/mol.mol2 переписывались типы атомов (на те, что будут соответствовать хвосту);
- перезаписывание некоторые типов атомов (только za) и добавление геометрических параметров в файле /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/*amp-pnp*/parameterize/parameters/GAFF2/mol.frcmod, удалялись исходные геометрические параметры с za;
- запускался tleap с инструкциями по файлу tleap.in; были получены файлы mol.crd, structure.prmtop;
- то же самое было проделано для /home/domain/data/julybel/amin-2021/AMP-PMP/*amp-pnph*/parameterize/parameters/GAFF2/mol.mol2.