Activity

From 12.09.2021 to 11.10.2021

21:17 Production #450: Стартовые системы: Взяла новое поле и пофиксила глутамин 38 (pdbfixer'ом), команда:
_gmx pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_proc... Anastasia Rachkova

15:09 Production #450 (In Progress): Стартовые системы: Такс
Во-первых, поле 03 очень древнее - на это намекает цифра 03, то бишь 2003 год. Что брать - ff19sb. Как это де... Alexander Zlobin
04:03 Production #450: Стартовые системы: За основу фермента взяла белок из 3EZN буркходелии, очистила его от воды и гликолей.
Хотела бахнуть pdb2gmx (поле am... Anastasia Rachkova
03:03 Production #450: Стартовые системы: Сделаны параметры для субстратов - обоих стереоизомеров. Далее нужно
1) сделать системы комплексов
2) сделать мини... Anastasia Rachkova

13:13 Production #450: Стартовые системы: Решено пока оставить Bespoke-fit в покое и сделать все с помощью GAFF. Anastasia Rachkova

10:05 Production #450: Стартовые системы: Сравнить по литературным данным тулы для генерации параметров для малых молекул и выбрать тот, что больше подходит. Anastasia Rachkova

01:09 Study #435: Подготовка к работе: Есть совсем древненькая статья (Meyerhof, O., and Kiessling, W., Biochem. Z., 276, 239; 280,99 (1935)), утв... Anastasia Rachkova
00:57 Study #435: Подготовка к работе: Чудо случилось! В одной прекрасной статье, описывающей механизм реакции на 1981 год ( Structure and activity of phosp... Anastasia Rachkova

09:56 Production #450 (In Progress): Стартовые системы: Подготовить стартовую систему комплекса PGM c двумя вариантами субстратов. Под стартовой системой подразумевается зал... Alexander Zlobin
09:47 Study #435: Подготовка к работе: В этом таске все же стоит попытаться найти хоть что-то про стереоселективность. Это могут быть очень древние статьи, ... Alexander Zlobin

Also available in: Atom