Activity
From 05.10.2021 to 03.11.2021
03.11.2021
-
13:05 Production #450: Стартовые системы
- А путь-то какой к файлам? Где они лежат?
02.11.2021
-
19:10 Production #450: Стартовые системы
- Сделала общий файл "3ezn_rdpg.gro" с координатами.
Потом делала ячейку и заливала ее водой:
*gmx editconf -f 3ezn_...
01.11.2021
-
- Спасибо! pdb сделала, двигаюсь дальше.
31.10.2021
-
- Режим editing в Pymol
Ctrl + ПКМ, щелчок по связи и зажать - будет вращение той группы, к которой ближе вы щелкнули. -
- У меня какой-то фейл с тем, чтобы вращать остатки амидов, делаю это не по-русски. Вы не подскажете еще раз, пожалуйст...
28.10.2021
-
- Подготовка корректных систем - половина успешности моделирования, так что да, каким бы ни было унылым, делать приходи...
27.10.2021
-
- У меня небыстро продвигается с ручной обработкой гистидинов и аспарагинов с глутаминами. Хочу к 30 ноября доделать на...
-
- Привет, апдейтни по подготовке систем, пожалуйста. Когда смогу их посмотреть и обсудить?
И следи за своевременным об...
11.10.2021
-
- Взяла новое поле и пофиксила глутамин 38 (pdbfixer'ом), команда:
_gmx pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_proc...
07.10.2021
-
- Такс
Во-первых, поле 03 очень древнее - на это намекает цифра 03, то бишь 2003 год. Что брать - ff19sb. Как это де... -
- За основу фермента взяла белок из 3EZN буркходелии, очистила его от воды и гликолей.
Хотела бахнуть pdb2gmx (поле am... -
- Сделаны параметры для субстратов - обоих стереоизомеров. Далее нужно
1) сделать системы комплексов
2) сделать мини...
Also available in: Atom