Фосфоглицерат мутаза

03.11.2021

13:05 Production #450: Стартовые системы

А путь-то какой к файлам? Где они лежат? Alexander Zlobin

02.11.2021

19:10 Production #450: Стартовые системы

Сделала общий файл "3ezn_rdpg.gro" с координатами.
Потом делала ячейку и заливала ее водой:
*gmx editconf -f 3ezn_... Anastasia Rachkova

01.11.2021

14:25 Production #450: Стартовые системы

Спасибо! pdb сделала, двигаюсь дальше. Anastasia Rachkova

31.10.2021

17:51 Production #450: Стартовые системы

Режим editing в Pymol
Ctrl + ПКМ, щелчок по связи и зажать - будет вращение той группы, к которой ближе вы щелкнули. Alexander Zlobin

03:06 Production #450: Стартовые системы

У меня какой-то фейл с тем, чтобы вращать остатки амидов, делаю это не по-русски. Вы не подскажете еще раз, пожалуйст... Anastasia Rachkova

28.10.2021

09:48 Production #450: Стартовые системы

Подготовка корректных систем - половина успешности моделирования, так что да, каким бы ни было унылым, делать приходи... Alexander Zlobin

27.10.2021

01:21 Production #450: Стартовые системы

У меня небыстро продвигается с ручной обработкой гистидинов и аспарагинов с глутаминами. Хочу к 30 ноября доделать на... Anastasia Rachkova

12:24 Production #450: Стартовые системы

Привет, апдейтни по подготовке систем, пожалуйста. Когда смогу их посмотреть и обсудить?
И следи за своевременным об... Alexander Zlobin

11.10.2021

21:17 Production #450: Стартовые системы

Взяла новое поле и пофиксила глутамин 38 (pdbfixer'ом), команда:
_gmx pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_proc... Anastasia Rachkova