Activity

From 16.11.2021 to 15.12.2021

22:52 Production #450: Стартовые системы: С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж... Anastasia Rachkova
22:45 Production #450: Стартовые системы: А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ... Anastasia Rachkova
22:42 Production #450: Стартовые системы: Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с... Anastasia Rachkova

16:02 Production #450: Стартовые системы: Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф... Alexander Zlobin
15:49 Production #450: Стартовые системы: Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел... Anastasia Rachkova
14:47 Production #450: Стартовые системы: Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен... Alexander Zlobin
14:43 Production #450: Стартовые системы: Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9... Anastasia Rachkova

13:59 Production #450: Стартовые системы: С чем конкретно ложится? Alexander Zlobin

17:36 Production #450: Стартовые системы: Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс... Anastasia Rachkova

01:31 Production #450: Стартовые системы: Для 2,3-фосфоглицератов заряд ставила -5, для остальных -4. Рисовала все ручками в Авогадро.
Файлы лежат в папке /ho... Anastasia Rachkova

Also available in: Atom