Activity
From 18.11.2021 to 17.12.2021
17.12.2021
-
11:12 Production #450: Стартовые системы
- Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
...
16.12.2021
-
23:32 Production #450: Стартовые системы
- Попробовала еще раз, ошибка следующая:
_Fatal error:
Atom O1 in residue H2E 9 was not found in rtp entry H2E with... -
- Точное время для лабораторной работы до конца января:
Понедельник 12:30 - 14:00
Среда 14:00 - 16:30
Суббота либо 1... -
- Потому что у остатка HIE нет никаких кислородов. Они есть у остатка H2E. Это совсем разные остатки.
Сейчас ошибка го...
15.12.2021
-
- С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж...
-
- А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ...
-
- Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с...
13.12.2021
-
- Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф...
-
- Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел...
-
- Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен...
-
- Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9...
11.12.2021
-
- С чем конкретно ложится?
10.12.2021
-
- Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс...
Also available in: Atom