Activity
From 01.12.2021 to 30.12.2021
29.12.2021
- 12:13 Production #450: Стартовые системы
- Важные моменты:
В файле complex.gro лучше сразу ставить атомы лиганда сразу после белка и перед водой, все атомы дол...
25.12.2021
- 16:35 Production #450: Стартовые системы
- Этот момент в файле вроде не касается даже аминоксилот и прочего, но я как-то не рискнула просто удалить эту строчку ...
- 16:31 Production #450: Стартовые системы
- Добрый вечер!
Я продвинулась дальше, но снова наткнулась на неочевидную ошибку при запуске команды:
gmx grompp -f ...
22.12.2021
- 14:18 Production #450: Стартовые системы
- Локально (только на этой неделе) переношу время работы над проектом с сегодня (среда) но четверг.
18.12.2021
- 21:59 Production #450: Стартовые системы
- О, спасибо большое за инструкцию!
Я сделала рабочий файл-таки, пришлось сначала фиксить его без фосфогистидина, а по...
17.12.2021
- 11:12 Production #450: Стартовые системы
- Вы можете сами такие вещи смотреть.
Отсылаю к этой части обсуджения: export GMXLIB=/home/domain/data/zlobin/gmxlib
...
16.12.2021
- 23:32 Production #450: Стартовые системы
- Попробовала еще раз, ошибка следующая:
_Fatal error:
Atom O1 in residue H2E 9 was not found in rtp entry H2E with... - 23:30 Production #450: Стартовые системы
- Точное время для лабораторной работы до конца января:
Понедельник 12:30 - 14:00
Среда 14:00 - 16:30
Суббота либо 1... - 16:57 Production #450: Стартовые системы
- Потому что у остатка HIE нет никаких кислородов. Они есть у остатка H2E. Это совсем разные остатки.
Сейчас ошибка го...
15.12.2021
- 22:52 Production #450: Стартовые системы
- С тирозином это я и сама запуталась, извините. А вот с O3 не поняла, там же действительно 3 кислорода, почему не долж...
- 22:45 Production #450: Стартовые системы
- А еще я разобралась-таки с исходным pdb. Исправила название атома, убрала этот TER и сделала фосфатную группу частью ...
- 22:42 Production #450: Стартовые системы
- Добрый вечер! Пишу про сроки проекта. На самом деле я не так уж и отклонилась от исходного плана: в декабре сделать с...
13.12.2021
- 16:02 Production #450: Стартовые системы
- Каким тирозином?... Я что-то совершенно запутался. Не надо использовать никакой pdbfixer, он ничего не знает про фосф...
- 15:49 Production #450: Стартовые системы
- Интересно, когда я пофиксила pdbfixer'ом созданный мною файл, там реально получился какой-то треш. Сейчас пробую сдел...
- 14:47 Production #450: Стартовые системы
- Ну он тут все говорит прямо. В его рецепте для остатка HIE (в данном случае Ц-концевого HIE - кстати, проверь, должен...
- 14:43 Production #450: Стартовые системы
- Забавно, когда делала первый раз - у него была ошибка на Met1, сейчас такая:
_Fatal error:
Atom O3 in residue HIS 9...
11.12.2021
- 13:59 Production #450: Стартовые системы
- С чем конкретно ложится?
10.12.2021
- 17:36 Production #450: Стартовые системы
- Файл с фосфогистидином сделала, но на команде _pdb2gmx -ff amber19sb -f 3ezn.pdb -o 3ezn_processed.gro -ignh_ ложитс...
Also available in: Atom