Фосфоглицерат мутаза

15.11.2021

01:31 Production #450: Стартовые системы

Для 2,3-фосфоглицератов заряд ставила -5, для остальных -4. Рисовала все ручками в Авогадро.
Файлы лежат в папке /ho... Anastasia Rachkova

13.11.2021

12:25 Production #450: Стартовые системы

Фосфорилированные остатки в поле добавил. Теперь достаточно остатку иметь нужное название и атомы фосфора и фосфориль... Alexander Zlobin

10.11.2021

19:12 Production #450: Стартовые системы

Итоги встречи 10 ноября:
-текстовые файлы надо всегда смотреть и проверять ручками
-чтобы юзать поле, можно просто... Anastasia Rachkova

03:39 Production #450: Стартовые системы

PDB Burchodelii 3ezn - удалила одну из цепей, гликоли удалила, воду оставила.
*pdbfixer 3ezn_Achain.pdb --output=... Anastasia Rachkova

03.11.2021

13:05 Production #450: Стартовые системы

А путь-то какой к файлам? Где они лежат? Alexander Zlobin

02.11.2021

19:10 Production #450: Стартовые системы

Сделала общий файл "3ezn_rdpg.gro" с координатами.
Потом делала ячейку и заливала ее водой:
*gmx editconf -f 3ezn_... Anastasia Rachkova

01.11.2021

14:25 Production #450: Стартовые системы

Спасибо! pdb сделала, двигаюсь дальше. Anastasia Rachkova

31.10.2021

17:51 Production #450: Стартовые системы

Режим editing в Pymol
Ctrl + ПКМ, щелчок по связи и зажать - будет вращение той группы, к которой ближе вы щелкнули. Alexander Zlobin

03:06 Production #450: Стартовые системы

У меня какой-то фейл с тем, чтобы вращать остатки амидов, делаю это не по-русски. Вы не подскажете еще раз, пожалуйст... Anastasia Rachkova